尖圭コンジローマの治療は、薬または、外科的治療が主になります。
外科治療は、尖圭コンジローマを物理的に取り除く手術による治療で
液体窒素による凍結手術、電気焼灼手術、レーザー光線蒸散手術などがあります。
これらの外科手術は保険適応にもなっておりますが
患部が広いと特に痛みや再発の懸念がありました。
そこで、薬での治療も併用されることがあります。
薬での治療は、DNAの生成を阻害する抗がん剤で使われる
塗り薬を使うことがあります（5-FU軟膏（協和発酵）、ブレオS軟膏（日本化薬））。
また、抗ウイルス剤などを使うこともあります（これらは保険適応外）。
また、2007年12月10日には、保険適応の尖圭コンジローマ治療薬として
ベセルナクリーム５％（一般名：イミキモド（持田製薬）が発売されました。
なお、患部の範囲や重症度、治療方法、薬によっても異なりますが
治療費の目安は、保険適応の自己負担額として5,000円から8,000円ぐらいです。
